有机物料腐熟剂产品很多，但可以分为好氧发酵和厌氧发酵两种类型。由于其发酵性质不同，因而致使二者的生产场地、操作方法、贮存和保管等措施均不一样：
（一）好氧类型有机物料腐熟剂
这类有机物料腐熟剂里的微生物，只有在氧气存在的条件下，才能进行发酵、分解和腐熟基质。因此，在使用过程中，必须通过翻堆或扎孔等措施，保障通气，满足氧气的需求及排出堆体内的CO2。如用秸秆生物降解技术，就必须及时扎孔，进行气体交换，这是保证秸秆生物降解成功的关键之一。
（二）厌氧类型有机物料腐熟剂
这类有机物料腐熟剂里的微生物只有在密闭没有氧气的条件下，才能进行发酵、分解和腐熟基质：因此在使用过程中，要尽量创造密闭条件，使发酵基质不透气。如用秸秆生产有机肥，按要求处理后，最后堆积成垛，上面覆盖塑料布，或用泥封严，使其密闭，与外界不通气，这样才能保障发酵成功。
（三）两种类型有机物料腐熟剂发酵最终产物的区别
好氧型及厌氧型有机物料腐熟剂发酵基质的最终产物不同，详见表1-1。
| 基质成分 | 好氧菌 | 厌氧菌 |
|---|---|---|
| 淀粉 | 二氧化碳、水 | 铬酸、甲烷 |
| 蛋白质 | 二氧化碳、水、硝酸 | 氨、胺、吲哚、硫化氢 |
| 纤维素 | 二氧化碳、水 | 甲烷、水 |
表1-1好氧菌和厌氧菌对有机物成分的分解结果
有关研究结果显示，进行好氧性发酵，淀粉（糖类）、蛋白质、脂肪和纤维素，被分解成麦芽糖、葡萄糖、氨基酸等有利于农作物吸收的营养成分以及CO2和水；而进行厌氧发酵，同样的淀粉、蛋白质、脂肪和纤维素，则被分解成酪酸、甲烷（沼气）、吲哚和硫化氢等对农作物根部有害的物质。所以，生产有机肥料．以及在秸秆生物降解技术中，都必须使用好氧类型的有机物料腐熟剂。
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